对水资源进行科学合理的管理，应从资源系统的观点出发，对水资源的合理开发与利用，规划布局与调配，以及水资源保护等方面，建立统一的、综合的管理体制，按照《水法》和有关法律法规，有水行政主任部门实施管理，并主要应体现在以下几个方面。

  长期以来我国水资源管理较为混乱，水权分散，形成“多龙治水”的局面，例如，气象部门监测大气降水，水利部门负责地表水，地矿部门负责评价和开采地下水，城建部门的自来水公司负责城市用水，环保部门负责污水排放和处理，再加上众多厂矿企业的自备水源，致使水资源开发和利用各行其是。实际上，大气降水、地表水、地下水、土壤水以及废水、污水都不是孤立存在的，而是有机联系的、统一而相互转化的整体。简单地以水体存在方式或利用途径人为地分权管理，必然使水资源的评价计算难以准确，开发利用难以合理。

  对水资源进行科学合理的管理，应从资源系统的观点出发，对水资源的合理开发与利用，规划布局与调配，以及水资源保护等方面，建立统一的、综合的管理体制，按照《水法》和有关法律法规，有水行政主任部门实施管理，并主要应体现在以下几个方面。

  对于大江大河的综合规划，应以流域为单位做。应与国民经济发展目标相适应，并最大限度地考虑了国民经济各部门和各地区发展需要，做综合平衡，统筹安排。根据国民经济发展规划和水资源可能供水能力，安排国家和地区的经济和社会持续健康发展布局。

  水资源综合规划，应是江河流域的宏观控制管理和合理开发利用的基础，经国家批准后应具有法律约束力。

  开发管理是实现流域综合规划对水资源做到合理开发和宏观控制的重要手段，也是水行政部门对国家水资源行使管理和监督权的具体体现。各部门、各地区的水资源开发工程，都必须与流域的综合规划相协调。

  我国以往兴建水利工程开发水资源，是按照基建程序进行的，不须办理用水许可申请。现在我国《水法》规定，凡需开发利用新水源修建新工程的部门，都必须向水行政主任部门申请取水许可证，发证后方可开发。实际上，目前世界上许多国家都早已实行取水许可证制度，限制批准用水量，并必须根据许可证规定的方式和范围用水，否则吊销其用水权。这一制度在我国起步实行，有待今后在实践中积累经验。

  在我国水资源日益紧缺情况下，实行计划用水和节约用水是缓和水资源短缺的重要对策。水行政主任部门应对社会用水做监督管理，各地区管水部门应制订水的中长期供求计划，优化分配各部门用水。为达到此目的，应制订各行业用水定额，限额计划供水；还应制订特殊干旱年份用水压缩政策和分配原则；提倡和鼓励节约用水，并制定出节水优惠政策。对节水单位做奖励，以促进全社会都来节水。

  对于使用水利工程入水库供应的水，应按规定向供水单位缴纳水费；对直接从江河和湖泊取水和在城市中开采地下水的，应收取水资源费。这是运用经济杠杆保护水资源和保证供水工程运行维修，以促进合理用水和节约用水的行之有效的办法。

  人类对于天然宝贵的水资源应加以精心保护，避免滥排污水造成水质污染， 因为水源污染不仅使可用水量逐日减少，而且危害人类赖以生存的生态环境。未解决保护水资源的问题，许多国家都成立了国家一级的专门机构，把水资源合理开发利用和解决水质污染问题有机结合起来，大力开展水质监测、水质调查与评价、水质管理、规划和预报等工作。为了进行水环境管理工作，应制订江河、湖泊、水库不同水体功能的排污标准。排放污水的单位应经水管理部门批准后，才能向环保部门申请排污许可证，超过标准者处以经济罚款。水行政管理部门与环境保护部门，应共同制定出水源保护区规划。

  我国目前对水资源实行统一管理与分级、分部门管理相结合的制度，除中央统一管理水资源的部门外，各省、自治区、直辖市也建立了水资源办公室。许多省的市、县也建立了水资源办公室或水资源局，开展了水资源管理工作。与此同时，在全国七大江河流域委员会中建立健全了水资源管理机构，积极地推进流域管理与区域管理相结合的制度