2009年1月1日，财政部、国家发展改革委、水利部联合印发了《水资源费征收使用管理办法》，详细的细节内容如下(节选)：

  第一条为加强水资源费征收使用管理，促进水资源节约、保护和合理规划利用，根据《中华人民共和国水法》和《取水许可和水资源费征收管理条例》(国务院令第460号，以下简称《条例》)的规定，制定本办法。

  第三条水资源费征收、使用和管理应当接受财政、价格、审计部门和上级水行政主任部门的监督检查。

  第四条直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位(包括中央直属水电厂和火电厂)和个人，除按《条例》第四条规定不需要申请领取水许可证的情形外，均应按照本办法规定缴纳水资源费。

  第五条水资源费由县级以上的地方水行政主任部门按照取水审批权限负责征收。其中，由流域管理机构审批取水的，水资源费由取水口所在地省、自治区、直辖市水行政主任部门代为征收。

  第六条按照国务院或其授权部门批准的跨省、自治区、直辖市水量分配方案调度的水资源，由调入区域水行政主任部门按照取水审批权限负责征收水资源费。其他跨省、自治区、直辖市实施的调水，水资源费的征收机关和资金分配，由相关省、自治区、直辖市人民政府协商确定，并报财政部、国家发展改革委、水利部审核同意后执行。相关省、自治区、直辖市不能协商一致的，由流域管理机构提出意见，报财政部、国家发展改革委、水利部审批确定。

  第七条上级水行政主任部门能委托下级水行政主任部门征收水资源费。委托征收应当以书面形式授权。

  流域管理机构审批取水并由省、自治区、直辖市水行政主任部门代为征收水资源费的，不得再委托下级水行政主任部门征收。第八条水资源费征收标准，由各省、自治区、直辖市价格主管部门会同同级财政部门、水行政主任部门制定，报本级人民政府批准，并报国家发展改革委、财政部和水利部备案。其中，由流域管理机构审批取水的中央直属和跨省、自治区、直辖市水利工程的水资源费征收标准，由国家发展改革委员会同财政部、水利部制定。

  第九条水资源费缴纳数额根据取水口所在地水资源费征收标准和实际取水量确定。

  水力发电用水和火力发电贯流式冷却用水的水资源费缴纳数额，能够准确的通过取水口所在地水资源费征收标准和实际发电量确定。对开采矿产资源用水，不得按矿产品开采量计征水资源费。

  第十条所有取水单位和个人均应安装取水计量设施。因取水单位和个人原因未安装取水计量设施或者计量设施不能准确计量取水量的，由水行政主任部门按照其最大取水能力核定取水量，并按核定的取水量确定水资源费征收数额。

  第十一条本办法第五条、第九条规定的取水口跨省、自治区、直辖市界的，其取水口所在地由流域管理机构与相关省、自治区、直辖市水行政主任部门协商确定，并报水利部备案；不能协商一致的，由流域管理机构提出意见报水利部审批确定。

  取水单位和个人应按月向负责征收水资源费的水行政主任部门报送取水量(或发电量)。负责征收水资源费的水行政主任部门按照核定的取水量(或发电量)和规定的征收标准，确定水资源费征收数额，并按月向取水单位和个人送达水资源费缴纳通知单。缴纳通知单应载明缴费标准、取水量(或发电量)、缴费数额、缴费时间和地点等事项。其中，流域管理机构审批取水的，取水量(或发电量)由取水口所在地省、自治区、直辖市水行政主任部门商流域管理机构核定。

  第十三条取水单位和个人申请缓缴水资源费，按照《条例》第三十四条的规定执行。

  第十四条县级以上地方水行政主管部门征收水资源费，应到指定的价格主管部门申领《收费许可证》，并使用省、自治区、直辖市财政部门统一印制的财政票据。