要顺应自然资源综合管理发展的新趋势，将水资源管理纳入自然资源综合管理体制，建立起以土地、矿产和水资源为基础的自然资源综合管理平台，促进自然资源合理规划利用和有效保护。

  要结合当前中央关于机构改革和转变政府职能的相关精神，推动水资源管理体制改革，打破当前多部门分割管理的现状。最大限度地考虑当前我国自然资源管理现在的状况，国土资源部系统管理着土地资源和矿产资源这两大类最重要的自然资源，资源管理基础深厚，队伍健全，技术完备，平台先进，同时不动产统一登记制度也在稳步推进，为自然资源综合管理搭建平台。因此，要积极地推进符合大部制改革要求的自然资源综合管理体制，整合涉及资源管理和生态保护的有关部门，成立以国土资源部为主体的自然资源部，将水资源管理纳入自然资源部的管理职能，将水资源由多部门管理转变为单一部门系统管理，理清管理职能，消除多部门职能交叉和缺位，健全部门内部水资源管理协调机制，打破多部门间协调不利，配合不畅的局面。

  按照十八大报告关于“健全自然资源资产产权制度和用途管制制度”的精神，严格水资源论证和取水许可管理，完善定额标准，按照水源属性和用水户类型，科学核定取用水户的水资源使用权限，开展确权登记，形成归属清晰、权责明确、监管有效的水资源资产产权制度。在水权初始配置和流转过程中，发挥市场调节与政府调控的作用，构建合理的水权价格形成机制，加快建立完善有利于发挥市场作用的水权交易买卖平台，明确交易规则，维护良性运行的交易秩序，建立便于操作的水权交易制度，一同推动水权市场交易的发展，进一步为发挥水市场的水资源配置基础作用提供制度保障。

  水资源同时具有资源性功能和生態性功能，但目前在对水资源的管理中没有把水资源作为重要的生态系统和生态空间来管理，往往侧重于其资源性功能管理，忽略了水资源生态功能管理，没有科学管控水资源的资源功能与环境功能，导致出现水源地生态破坏严重、水体生态修复能力变弱、水体污染等严重的水环境问题，直接影响居民生活，限制经济发展，威胁民族的生存与发展。

  要按照自然资源综合管理的要求，积极地推进水资源管理职能转变，努力实现六个“统筹”，实现多目标、多级优化综合管理。一是要统筹地表水和地下水管理；二是要统筹淡水资源和海洋资源开发与保护；三是要统筹水量和水质管理；四是要统筹区域和流域管理；五是要统筹城镇和农村用水；六是要统筹土地资源和水资源管理。

  水资源是重要的自然资源，也是生态系统的构成要素。水资源管理是自然资源管理的重要方面，也是生态文明建设的重要保障和基础支撑。在我国积极深化自然资源管理制度改革，推进生态文明制度建设的关键时期，水资源管理制度改革也迫在眉睫。

  尽管新修订的《水法》规定国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，国务院水行政主任部门负责全国水资源的统一管理和监督工作。但在实际管理中则存在多个管理部门分别管理水资源的各项事务，呈现多部门分割管理。目前，地表水的开发、利用和保护主要由水利部门管理，水体的污染与防治则由环境保护部门管理，地下水监测及地下水污染防治则由国土资源部门管理，城市和工业用水，城市给排水工程规划、建设和管理由建设部门管理，农业用水、渔业水环境主要由农业部门管理，流域生态、水源涵养林的保护与管理则由林业部门负责，内陆航运与污染控制由交通部门负责。在这种部门分割的管理体制下各涉水部门的管理职责既有交叉又有缺位，各部门间只有分工缺少协作，没形成多部门管理的整体效益，使我国水资源管理一直处在水量与水质、地表水与地下水、流域与区域、农村与城市分割状态，不利于开发、利用、节约、保护、管理水资源和防治水害。

  建立包括土地、矿产和水资源在内的统一监测调查评价平台，加大资产金额的投入，增加监测网点，优化网点布局，重视包括水资源监测、水生态监测和城市水文监测等在内的日常监测工作，客观科学开展水资源各项调查评价工作，提高自动监测和服务管理能力。加强标准体系建设，加强水资源信息化管理建设，将其纳入自然资源管理统一信息管理平台，实现资源共享，提高水资源管理的科学性、有效性，提升水资源管理服务社会的能力。

  把生态文明理念融入水资源开发、利用、配置、节约、保护与水害防治的各方面。一是继续完善和落实最严格水资源管理制度。积极落实“三条红线”，严格实行“四项制度”，制定更完善的管理制度、考核制度、监督制度和监控体系，保障最严格水资源管理制度有效落实。二是加强水资源节约保护和水生态修复。要继续推行节约用水的风尚，加快节水技术的研发和推广，积极实施水生态修复工程，落实水资源保护任务。三是健全水资源有偿使用制度。树立“资源、资产、资本”三位一体的管理理念，坚持使用水资源付费的原则，按照全面反映市场供求、水资源稀缺程度、水生态环境损害成本和修复效益的要求，合理调整水资源费征收标准，健全水资源有偿使用制度。四是建立和实施水生态补偿制度。坚持谁受益、谁补偿原则，推动建立江河源头区、重要水源地、重要水生态修复治理区和蓄滞洪区生态补偿机制。建立流域上下游不一样的区域的生态补偿协商机制，推动地区间横向生态补偿。五是积极开展水生态文明创建工作。加快开展水生态文明建设试点和创建工作，完善水生态文明建设的制度体系和建设模式。

  按照《宪法》规定，水资源属国家所有，即全民公共所有。《水法》及《取水许可和水资源费征收管理条例》规定了依法取得取水权的条件，原则性地提及取水权可有条件转让及变更，缺乏具体的实施细则。在《水量分配暂行办法》将水量分配到各省，但水权并没有明晰到微观终端用户。此外未对不同实体对水的占有权、使用权、收益权和处分权做出其他明确规定。而对水流资源的统一确权登记还未实施，基于资源资产产权制度的水权交易制度也只是刚刚起步。