据生态环境部官方微信公众号通报，2022年3月，中央第五生态环境保护督察组督察新疆发现，玛纳斯河水资源违规分配，流域违法取水问题多发，挤占生态用水，流向生态功能区的河道长期断流，导致部分生态功能区退化严重。

  （一）生态用水量打折扣：玛纳斯河流域管理局落实不力，在执行国家有关部门审批的《肯斯瓦特水利枢纽工程可行性研究报告》生态流量要求时偷换概念，将红山嘴断面的4.17立方米/秒最小生态基流流量曲解为1.3亿立方米/年总水量，实际操作中仅在洪水季一次性放足水量，用泄洪水量“顶替”生态水量，而非洪水季则将河水全部引入东岸大渠。因生态流量严重不足，红山嘴水利枢纽至夹河子水库近30公里河段除7、8月份洪水季外，常年处于断流状态。

  2022年3月28日，督察组现场督察发现，红山嘴水利枢纽将河水截取进入东岸大渠。

  （二）违法取水问题突出：玛纳斯河流域管理局监管不力，流域内违法取水多发。玛纳斯河流域54个地表水一级取水口中，22个未办理取水许可。此外，玛纳斯河河道外一公里范围内在用地下水机井633眼，按要求应由玛纳斯河流域管理局发放取水许可，但目前仍有573眼地下水机井未取得取水许可，据不完全统计，2021年无证取水量高达3545万立方米。作为玛纳斯河流域主要监管部门，玛纳斯河流域管理局不但未对违法取用地下水进行查处，反而执法违法。2015年，玛纳斯河流域管理局在玛纳斯河上建设了21眼地下水机井，至今没有取得取水许可证，违规向玛纳斯县和石河子市供水并收取水费，仅2021年无证取水量就达到了5500万立方米。

  （三）部分重要功能区生态功能退化：《国家湿地公园管理办法》规定，禁止截断湿地水源。石河子市水利工程管理服务中心违规在玛纳斯河国家湿地公园内河道上修筑拦水坝，截断湿地水源，导致玛纳斯河天然河道长期断流干涸，玛纳斯河国家湿地公园、玛纳斯河流域中上游湿地省级自然保护区部分重要湿地生态功能退化。卫星遥感图片显示，2018年至2021年，玛纳斯河国家湿地公园内近3平方公里的湿地面积干枯。 现场发现，该段河道湿地内部分区域甚至严重干涸，失去基本输水功能，附近难见水生植物。

  2022年3月28日，督察组现场督察发现，玛纳斯河国家湿地公园内修筑了拦水坝，湿地水源被截断。

  2022年3月28日，督察组现场督察使用无人机拍摄，玛纳斯河国家湿地公园内干涸的河道。